Özer hakkında "silahlı terör örgütüne üye olmak" iddiasıyla, İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Terör Suçları Soruşturma Bürosunca tutuklanma talebiyle, Sulh Ceza Hakimliği'ne sevk edilen Özer, 30 EKim 2024 tarihinde tutuklandı.

Ahmet Özer Esenyurt Belediyesi'ndeki görevinden uzaklşatırılınca, İstanbul Vali Yardımcısı Can Aksoy belediye başkan vekili sıfatıyla, kayyum olarak atandı.  Görevden uzaklaştırmaya gerekçe gösterilen "silahlı terör örgütüne üye olmak" iddasına ek olarak,  Özer hakkında "terörizmin finansmanı" suçundan yeni bir soruşturma başlatıldı. 

Özer'in belediye başkanı olarak göreve başladığı 1 Nisan 2024 tarihinden itibaren, belediye kaynaklarını terör örgütü finansmanı için kullanıldığı iddialarını içeren soruşturmaya yönelik, İçişleri Bakanlığı tarafından 2 müfettiş görevlendirildiği bilgisine yer verildi.